通常の口座（特定口座または一般口座）へ移管された際の評価額より、売却時の評価額が上がっていた場合、その差額は課税対象となります。詳しくはこちらをご覧ください。
また、旧NISA口座から移管された資産が、移管時の評価額から変動がなくても、売却に際して課税が発生する場合があります。移管された資産と同じ銘柄を通常の口座で元々持っていた場合、通常の口座で「元々持っていた資産」と「旧NISA口座から移管された資産」をあわせて売却します。そのため、「元々持っていた資産」で利益が発生している場合には課税が発生します。
なお、旧NISA口座から移管された資産だけを選んで売却することはできません。
ご参考（よくあるご質問）